La recién creada Sección Genómica y Bioinformática de la Sociedad de Genética de Chile (Sochigen), realizó un levantamiento de información respecto a las capacidades de secuenciación que existe en Chile para el monitoreo genómico de variantes del SARS-CoV-2.
La misiva está firmada por seis miembros de la organización: Ricardo Verdugo, Karen Oróstica, Álvaro Glavic y Vinicius Maracaja-Coutinho de la Universidad de Chile, Cristian Ibáñez de la Universidad de La Serena y Andrea Silva de la Universidad Austral de Chile. Los expertos plantean que “Chile tiene la oportunidad de ser líder a nivel regional en la implementación de un plan de vigilancia genómica que incluya a todo el territorio nacional”.
Este tipo de iniciativas ya se encuentra en desarrollo en varias partes del mundo. Dentro de la región la Organización Panamericana de la Salud creó en 2020 la Red Regional de Vigilancia Genómica de COVID-19, de la cual participan dos laboratorios del Instituto de Salud Pública de Chile (IPS).
Desde esta perspectiva, la Sochigen anuncia que “desea poner a disposición del país su expertise y capacidades técnicas para dar respuesta oportuna a los desafíos en materia de vigilancia genómica que demanda enfrentar a un virus respiratorio y sus distintas mutaciones genéticas”. Por ello, tomaron la iniciativa de formular un catastro para determinar la capacidad de los laboratorios y expertise de profesionales presente a lo largo de Chile para dar cumplimiento a esta tarea.
Veintidós grupos respondieron la encuesta que la Sochigen distribuyó entre el 20 de enero y el 1 de febrero. Los resultados muestran que “a nivel de equipamiento, nuestra encuesta indica que en Chile existen al menos 12 secuenciadores de marca Illumina, 8 Oxford Nanopore y 2 Ion Torrent (Thermo Fisher) que estarían disponibles para un plan de vigilancia genómica. Todos estos equipos cumplen con las características necesarias para secuenciar genomas de SARS-CoV-2. El 86% de estos está operativo y hay tres equipos que están en proceso de adquisición pero que estarían operativos para el segundo trimestre de 2021”.
El 64% de los equipos se encuentran en la región Metropolitana y el resto está distribuido en las regiones de Antofagasta, del Bío Bío, de los Ríos y de Magallanes y hay capacidades de generación de librerías de secuenciación en La Serena.
Respecto a la generación de un programa de vigilancia genómica, los expertos indican que este “debe ser diseñado de manera tal que se maximice la probabilidad de detectar nuevas variantes, se pueda establecer el origen de las variantes ingresadas al territorio nacional u originadas en Chile y realizar trazabilidad de los contagios dentro del país, entre regiones y a nivel de comunas, para así ubicar los focos de transmisión con el fin de aislarlos”.
La Sección Genómica y Bioinformática de la Sochigen asegura que el resultados de este levantamiento será entregado al Ministerio de Ciencias, Tecnologías, Conocimiento e Innovación (MinCTCi) para que la entidad “en su rol de articulador entre la comunidad científica y las autoridades sanitarias del país, pueda evaluar el levantamiento de una red universitaria de vigilancia genómica, similar a la red de 33 laboratorios universitarios levantados a lo largo del territorio nacional para apoyar el diagnóstico de COVID-19”.
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